Вы указываете ей файл вашей страницы для анализа. Программа проводит разбор и выводит результат, на котором чётко видно, под какое словосочетание оптимизирована ваша страничка и какие слова стоит вбить в тег Keywords.
Вы также увидите релевантность и встречаемость каждого слова на странице.
Как это можно использовать?
Допустим, вы торгуете со своего сайта электронной книгой "10 Простых способов бросить курить навсегда". Идите на http://direct.yandex.ru и выбирайте там ссылку "Подбор слов" и вбивайте там словосочетания "Бросить курить", "Отказ от курения", "Как бросить курить", "Как не курить" и т.д. и смотрите какую фразу ищут чаще.
Затем идёте на www.ya.ru и там вбиваете самую популярную фразу. Из результатов загружайте первую десятку и сохраняйте их себе на диск.
Отключайтесь от сети, запускайте Meta Tuner и анализируйте, где Вас обошли конкуренты.
Какие слова у них наиболее часто встречаются? Какова релевантность? И т.д.
Конечно, программа не панацея от всех проблем. Она лишь покажет Вам где Ваши страницы можно улучшить с точки зрения поисковых запросов. А уж ссылочную популярность и прочие факторы ранжирования нужно прорабатывать другими инструментами. Видеоурок по работе с программой здесь